Правительство США не спешило с открытой войной против индейцев Равнин. 27 июля 1853 года комиссионер Томас Фицпатрик подписал договор с команчами и их союзниками - кайова и кайова-апачами. США получали право прокладывать дороги и ставить на них посты для защиты переселенцев, двигающихся через страну команчей. В качестве компенсации индейцам в течении пяти лет выплачивалось ежегодно 18000 $, их обязывались снабжать провизией и товарами. Индейцы же обязывались выдать пленников и прекратить набеги, в том числе и в Мексику. Этот договор, как и все прочие, не смог решить всех проблем.

Одновременно правительство приняло меры по укреплению границы. После ухода в 1848 году из Мексики, драгуны были размещены на границе. В 1849 году от форта Уорт до форта Дункан у Орлиного ущелья на Рио-Гранде протянулась цепь из 8 военных постов. Когда через два года поселения перешагнули за этот кордон, была протянута новая линия фортов на 100 миль западнее. Она шла на север по землям команчей от форта Кларк на Рио-Гранде и включала в себя форты: Чэдберн, Фантом Хилл, Белкнап, Арбайкл, Манн и, позднее, форт Аткинсон на р.Арканзас. Но к 1855 году реальная линия границы оставила позади и их. В 1853 году в Техас было направлено 3265 солдат и до самой Гражданской войны число их существенно не возрастало. Всю страну между Колорадо и Ред-Ривер защищали четыре роты пехоты и два эскадрона драгун.

В 1855 году в Техасе были созданы две первые резервации. В одной из них (около форта Белкнап) были поселены кэддо, анадарко, айони, вако, тонкава и тавакони общей численностью около 1000 чел. Вторая резервация находилась на месте позднейшего Кэмп-Купера, и в 1857 году там проживало около 430 команчей Пенатека - не более половины этой группы.

В этот период американцы все смелее вторгаются в самое сердце прерий. В 1858 году команчи были трижды разбиты к северу от Ред-Ривер. В отмщение они высылали в набеги небольшие отряды молодых воинов. Полностью было разрушено ими германское поселение в 25 милях от Фредриксберга, а жителям Керрвилла пришлось по собственной инициативе организовать у себя роту рейнджеров. Белые не делали разницы между свободными индейцами и индейцами резерваций. Чтобы спасти последних от самосуда, власти вынуждены были в июле 1859 года перевести обе резервации на новое место в Оклахоме.

Началась Гражданская война, и хотя команчи не могли иметь какое-то влияние на ее ход, соглашения о безопасности границ подписывали с ними как представители Севера, так и делегаты Юга. В мае 1861 года договор с ними заключил специальный комиссионер президента Джефферсона Дэвиса Альберт Пайк. С помощью дружественных команчам крик, он встречался с ними 12-13 августа 1861 года в агентстве Вичита. Всего он заключил два соглашения. Один договор - с индейцами резерваций, среди которых были и Пенатека, а второй - с «команчами прерий и Стейкед-Плейнс» (среди них оказались остатки Танима, Нокони, Ямпарика и Котсотека). Подписи свои поставило более дюжины вождей. Правительство конфедератов просило команчей соблюдать мир, а Конгресс южан выделил для них 64862 долларов. Но прерийные команчи редко являлись в агентство, а затем связи и вовсе прервались - в октябре 1862 года делавары и шауни, симпатизировавшие северянам, разорили агентство Вичита. Набеги на техасскую границу возобновились с удвоенной силой. Особенно страдали графства Кук, Клей, Джек, Пало Пинто, Дентон, Монтагъю, Уайз и Паркер. Индейцы угнали более 10000 голов скота, который продавали янки, снабжавшим федеральную армию провиантом. В 1864 году нападений было немного, но удары были жестоки. Федеральный агент покинул страну с началом войны, но вскоре вернулся и заключил ряд соглашений. Два команча, апач и четыре кайова совершили поездку в Вашингтон и там 6 апреля 1863 года подписали соглашение, подтвердившие условия договора в форте Аткинсон 27 июля 1853 года. Вашингтонский договор более четко определил обстановку вокруг Тракта Санта-Фе и то, что США должны будут выделять индейцам 25000 долларов ежегодно. Однако договор этот не был ратифицирован Конгрессом.

Осенью 1863 года сформировалось два великих союза индейских племен: на юге - команчи, кайова и кайова-апачи, а на севере - шайены, арапахо и сиу. 1864 год ознаменовался многочисленными нападениями на поселения вдоль дороги на Денвер. Страна обезлюдела. Итогом жестокой войны стали договора на Литтл-Арканзас (18 октября 1865 года) и на Медисин-Лодж (21 октября 1867 года). Команчи, кайова и кайова-апачи оказались в резервации, которая составляла ничтожно малую часть старой Команчерии. Но подписи поставили только 10 вождей Ямпарика, Нокони и Пенатека. Могущественные Едоки Мяса и Антилопы не подписали этого соглашения.

В 1869 году президент Грант объявил о начале мирной политики по отношению к индейцам и поручил ее осуществление квакерам. Агентом в форте Силл стал Л.Татум. Вскоре он столкнулся с трудностями, будучи не в силах превратить кочевых охотников в фермеров и прекратить их набеги. В 1870 году индейцы вели себя особенно дерзко и вызывающе. В июне команчи и кайова держали совет во время Пляски Солнца, обсуждая вопрос о войне и мире. Большинство высказалось за мир, но некоторые вожди были настроены воинственно. После совета был сформирован военный отряд, но набег на Техас отложили из-за холодной погоды. Табенаника, Голос Рассвета, дерзко заявил Татуму, что хотел бы, чтобы пришли солдаты из форта Силл и он мог бы сразиться с ними. Но этим летом больше беспокойств причиняли кайова. Из корраля у форта Силл было угнано 73 мула. В мае 1871 года последовала резня обоза Уоррена и арест вождей кайова. События эти стали предлогом для действий против Антилоп и Едоков Мяса. Полковник Р.С.Маккензи возглавил экспедицию, выступившую из старого Лагеря Купера на северо-запад к каньону Бланко против Квахади Куана Паркера. Поход был неудачен: дав солдатам бой, команчи ушли на Льяно-Эстакадо и войска из-за холодов не смогли преследовать их. Покарать прерийных команчей тогда так и не удалось. Участник похода капитан Ричард Картер так описывает атаку Квахади на части 4-го Кавалерийского полка 10 октября 1871 года у устья каньона Бланко: «Их тактику под огнем трудно описать... Их стремительный натиск в V-образном строю, последующее развертывание веером перед фронтом, когда оба их крыла сливались в единую волнистую линию кружащихся, как в водовороте, всадников, все быстрее несущихся по кругу направо и налево, и столь же мгновенно собирающихся в единую массу, не сбиваясь при этом в беспорядочное стадо; их непостижимые маневры, когда они вновь рассыпались, выстраиваясь время от времени веером или же распадаясь на два крыла - все это более и более вводило в замешательство наших ветеранов Гражданской войны, которые никогда не сталкивались с такими тактическими маневрами и со столь гибкой и подвижной линией стрелков. Команды были едва слышны и, чтобы перекрыть визг, приходилось орать во всю глотку».

Зимой 1871-1872 г.г. команчи оставались спокойны и все, кроме Антилоп, мирно получали свои рационы. Но весной 1872 года набеги возобновились - команчи мстили за совершенные белыми убийства и за истребление бизонов. Однажды июньской ночью молодой воин Теневерка (Подошедший Сюда Мужчина Средних Лет) из Котсотека и четверо других воинов налетели, воспользовавшись ненастьем, на государственный корраль у форта Силл и угнали всех 44 лошадей и мулов, которых там обнаружили. Некоторые из команчей тогда были арестованы и потому, когда Ральф Линтон, Э.Хобел и Дж.Карлсон из Антропологической лаборатории Санта-Фе посетили Теневерку в 1933 году, он встретил их с подозрением, полагая, что это правительственные шпики. В своем интервью он избегал и упоминать о форте Силл. Лишь когда профессор Линтон привел миролюбивые заверения коменданта форта, старый команч принял приглашение быть почетным гостем на торжественном обеде и там принести свои извинения.

Попытки установить мир, которые предпринимали квакеры, проведшие два совета, не увенчались успехом. Набеги продолжались. В сентябре 1872 год полковник Маккензи выступил из форта Гриффин и 29 сентября внезапным ударом разгромил лагерь команчей на Макклеллан-Крик у устья каньона Бланко, захватив много пленников и 3000 голов лошадей и мулов. Следующей ночью индейцы угнали своих животных, но дух группы был сломлен. Они завязали переговоры и зиму 1872-1873 г.г. провели у агентства близ современного года Лоутон. Прочие команчи стояли севернее, на Чандлер-Крик. Набегов было немного.

Тем временем, благодаря Орегонской Тропе, сблизившей разные регионы, с Северо-Запада к команчам проник культ Пляски Пророка, последователи которого призывали вернуться к старым добрым временам. Среди команчей такую проповедь повел молодой воин - шаман Исатаи, Падающий Койот. В доказательство своей силы он заверял в своей неуязвимости для пуль (как и у многих великих воинов), утверждал, что поднимался выше облаков, общался с Великим Духом и, наконец, воскрешал мертвых. Но реально его престиж подняло предсказание, что комета, появившаяся в начале 1873 года, будет видна пять дней и все это время будет сопровождаться жарой и засухой. Весной 1874 года он объявил, что команчи должны собраться на Пляску Солнца, чего ранее не бывало. Команчи всегда посещали Пляску Солнца у кайова или шайенов, а не устраивали ее сами. Здесь Падающий Койот выступил с зажигательной речью. Он говорил, что если индейцы станут на тропу войны и уничтожат белых, тогда вновь вернутся многочисленные стада бизонов. Все одобрили его слова и присоединились к Пляске, чтобы затем идти на войну. Одни только Осы-Пенатека вернулись домой в Техас. Разошлись перед Пляской и немногочисленные мелкие группы. Многие скептически относились к речам пророка.

Через день после окончания Пляски Солнца большой военный отряд команчей и кайова прибыл в крупный шайенский лагерь у истоков Вашиты. Его возглавляли сам Падающий Койот и четыре военных вождя. Были устроены пляски военных обществ нескольких племен и шайены присоединились к отряду.

Объектом нападения был избран Эдоуб-Уоллс - старый торговый пост Уильяма Бента на Саут-Форк р.Канейдиан в графстве Хатчинсон, Техас. Теперь тут была центральная база белых охотников за бизонами. На рассвете 24 июня 1874 года индейцы, растянувшись в длинную линию, атаковали постройки. Их было столь много, что «грохот конских копыт был подобен грому». На базе заперлось 26 белых людей. Двое охотников были убиты в фургоне снаружи ограды. С мужчинами на посту была и одна белая женщина. Охотники не спали, так как чинили осевшую кровлю и потому сумели вовремя изготовиться к отражению натиска. Они были вооружены новыми дальнобойными ружьями. В итоге первой атаки было убито два шайена и команч, причем один из шайенов был убит уже внутри ограды. Прочие отступили и принялись кружить вокруг поста. Они атаковали вновь и вновь, но небольшой отряд, засевший в домике из необожженного кирпича, держался там, как в бастионе. Индейцы прерий не умели штурмовать укреплений. Падающий Койот, чье обнаженное тело было раскрашено желтым, находился вдали от боя на вершине холма, сидя на своей белой лошади. Шайен, потерявший сына в бою, принялся насмехаться на ним, предлагая спуститься вниз и принести сюда тело его сына, раз уж он действительно неуязвим для пуль. Шаман отказался исполнить это требование.

После полудня обескураженные индейцы отступили. Им удалось убить трех белых людей, потеряв при этом девять воинов убитыми и многих ранеными. Эта битва не была крупнейшей в их истории, но она стала для команчей и их друзей духовным поражением, ознаменовав крушение всех их надежд.

Но грабежи и набеги индейцев не прекращались и после этого. Они действовали на обширной территории Канзаса, Колорадо, Нью-Мексико и Техаса. Чтобы отличить враждебных индейцев от дружественных, армейское командование велело последним собраться на восточном берегу Каче-Крик. Этому приказу подчинились многие кайова и команчи. Одна из групп Нокони, не желая ни сдаваться, ни гибнуть в прериях, явилась, ища защиты, к агентству Вичита. Однако армейские офицеры расценили их, как военнопленных. Инцидент в ходе переговоров вызвал столкновение (битва при Анадарко), что послужило сигналом к началу осенью 1874 года новой военной кампании. Это был конец «мирной политики».

Полковник Нельсон А.Майлс двинулся на юг из Кэмп-Сэплай. Майор Уильям Прайс выступил на восток из форта Юнион в северном Нью-Мексико. Подполковник Дж.В.Дэвидсон действовал на запад от форта Силл, а полковник Маккензи - к северу от форта Кончо. Между Дэвидсоном и Маккензи оперировал на Ред-Ривер полковник Дж.П.Буэлл.

Дэвидсон прошел на север к Вичита-Маунтинс, обогнул с юга Стейкед Плейн и вернулся в форт Силл 16 октября. Большинство индейцев бежало от него в глубины каньона Пало-Дуро. Маккензи двинулся туда и 27 сентября достиг точки соприкосновения каньонов Туле и Пало-Дуро. Там он обнаружил сотни типи, протянувшиеся на мили вдоль стен каньона. В случае нападения индейцы попадали в ловушку. В битве солдаты разгромили лагерь, захватили множество лошадей, перебив из них 1400. Без коней индейцы были беззащитны. 9 октября группа индейцев была атакована Буэллом в графстве Грир, а четыре дня спустя другую группу атаковал в графстве Хемпвилл (Техас) майор Прайс. 21 октября Дэвидсон принял в агентстве сдачу индейцев, преследуемых Майлсом из Пало-Дуро и Стейкед-Плейнс.

В этих боях погибло мало индейцев, немного их попало в плен; большая часть их была вынуждена сдаться, лишившись имущества, лошадей и средств к существованию как раз накануне зимы. При сдаче у них отбирали коней, мулов и оружие. Часть животных убивали, часть отдавали белым и индейским скаутам. Вскоре сдались и самые упорные из враждебных. В феврале 1875 года сдалось около 250 человек. В апреле к ним присоединилось еще 175. Куана Паркер во главе большой группы Антилоп прибыл в форт Силл 2 июня. На 5 августа в агентстве насчитывалось 1076 кайова (из них 763 «лояльных») и 1597 команчей, из которых 938 было причислено к враждебным.

Более Команчи не поднимали восстаний и не оказывали организованного сопротивления. Некоторое время они еще покидали резервацию для набегов, оправдывая такие отлучки выездами на охоту. Последний набег был совершен в июне 1879 год - отряд отправился в Стейкед-Плейнс для охоты на бизонов и на обратном пути напал на ранчо южнее Биг-Спринг. Однако вскоре белые охотники выбили последних бизонов, и с ними ушла в прошлое старая жизнь команчей.